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An den infizierten Wurzeln bilden sich zunächst dunkelbraune, gut abgegrenzte Läsionen, die sich später entlang der Wurzel ausbreiten und schwarz verfärben. Dieser Wurzelbefall ist das primäre und charakteristische Symptom der Schwarzbeinigkeit. Zur Diagnose empfiehlt es sich, einige Pflanzen vorsichtig auszugraben, den Wurzelballen zu waschen und die Wurzeln vor einem weißen Hintergrund zu betrachten.

Im weiteren Verlauf können das gesamte Wurzelsystem und die Halmbasis befallen werden. Spätestens, wenn sich die Halmbasis schwarz verfärbt, dann kann man von einem schweren Befall sprechen.

In Deutschland treten die ersten Symptome meist erst im Frühjahr, etwa ab dem Schossen, auf. Unter günstigen Befallsbedingungen kann man den Wurzelbefall aber bereits im Herbst beobachten. Früher Befall kann zu einer reduzierten Bestockung und sogar zu Pflanzenausfällen führen.
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